เทคโนโลยีหลากหลายที่มีการนำมาใช้ในปัจจุบันต่างมีทั้งข้อดี และข้อเสีย ผู้ที่นำเทคโนโลยีนั้นไปใช้จึงต้องพิจารณาอย่างรอบคอบ เลือกวิธีการที่เหมาะสมที่สุดในการนำไปใช้เพื่อให้เกิดประโยชน์สูงสุด และลดผลกระทบหรือข้อเสียของเทคโนโลยีนั้น เทคโนโลยี RNAi ก็เช่นเดียวกัน แม้ว่าจะมีข้อดีมากมายดังที่กล่าวมาแล้ว แต่เทคโนโลยี RNAi ก็มีข้อเสียหลายประการ เช่น

1. ไม่สามารถปรับตัวตามการหลบหลีกของไวรัสบางชนิดได้ ทำให้การใช้เทคโนโลยีนี้มีช่วงเวลาจำกัดในการยับยั้งการแสดงออกของยีน จนเมื่อไวรัสเปลี่ยนแปลงพันธุกรรมไปก็ไม่สามารถยับยั้งการแสดงออกของยีนได้
2. ไม่สามารถประมาณช่วงเวลาที่ RNAi ให้ผลในการยับยั้งการแสดงออกของยีนได้
3. ทำให้ลำดับพันธุกรรมของโฮสต์เปลี่ยนแปลง เนื่องจากชิ้นส่วน siRNA สามารถเข้าไปแทรกในลำดับพันธุกรรมของโฮสต์ได้
4. อาจเกิดการยับยั้งการแสดงออกของยีนอื่นที่ไม่ใช่ยีนเป้าหมาย เนื่องจาก siRNA เป็นลำดับนิวคลีโอไทด์สายสั้น ๆ ซึ่งไม่เพียงแต่มีความจำเพาะกับ ตำแหน่งเบสที่เป็นคู่สมกันเท่านั้น แต่ยังมีโอกาสที่จะไปจับกับเบสคู่สมอื่นที่มีความคล้ายคลึงกันได้
5. ไวรัสที่ใช้เป็นสื่อในการนำยีนเข้าสู่เซลล์อาจก่อโรคหรือไปกระตุ้นให้ oncogene ทำงาน
6. RNAi ที่ใช้ในการดัดแปลงพันธุกรรมพืชที่ใช้เป็นอาหาร อาจส่งผลกับผู้บริโภค
7. ประสิทธิภาพของ RNAi ขึ้นอยู่กับคุณสมบัติของ เวกเตอร์
8. เป็นเทคโนโลยีที่ต้องอาศัยความเข้าใจและชำนาญในการวิเคราะห์
9. ค่าใช้จ่ายในการทำการทดลองสูง เนื่องจากต้องใช้เครื่องมือประกอบหลายอย่าง
10. เทคโนโลยีนี้เป็นเทคโนโลยีใหม่ มีการค้นพบมาไม่เกิน 10 ปี ดังนั้นข้อมูลต่างๆที่ได้มาจึงยังสามารถเปลี่ยนแปลงได้อยู่เสมอหากมีการค้นพบข้อมูลต่างๆเพิ่มขึ้น